广东医科大学的前身是中山医学院湛江分院，创建于1958年，1964年升格为五年制医学本科院校并更名为湛江医学院，1992年易名为广东医学院，2016年更名为广东医科大学。1960年被评为全国文教战线先进单位，1978年有2项科研成果获全国科学大会奖励，1986年获硕士学位授予权单位，列为广东省属重点建设大学，1991年获广东省办学水平评估一等奖，2005年在教育部本科教学工作水平评估中获“优秀”，2008年设立博士后科研工作站，2012年获批设立教育部科技查新工作站，2013年获批为博士学位授予单位。2015年5月临床医学学科进入ESI全球排名前1%。2016年1月学校进入ESI全球排名前1%。2020年7月药理学与毒理学进入ESI全球排名前1%。2019年通过教育部临床医学专业认证，有效期6年。2021年8月进入广东省高水平大学建设计划重点学科建设高校行列。学校还进入高等教育研究机构世界大学排名中心（简称CWUR）和美国权威的USNews世界大学排行榜两个著名权威榜单。
学校总面积近2300亩，由湛江校区、东莞校区两部分组成，湛江校区位于富有亚热带风情的沿海开放城市湛江市；东莞校区创建于2002年，位于东莞市美丽的松山湖科技产业园区。